三嶋神社のご祭神は、大山祇園大神（おおやまづみのおおかみ）、大雷大神（おおいかづちのおおかみ）、高龗大神（たかおがみのおおかみ）を中心として、猿田彦大神（さるたひこのおおかみ）、天鈿女大神（あまのうづめのおおかみ）が合祀として祀られてきましたが、昭和31年に「熊野神社」のご祭神、菊理姫命（くくりひめのみこと）が新たに祀られ、現在では当神社の六柱の神様となっています。
木花咲耶媛神（このはなさくやひめのかみ）の御父神で、山をつかさどる神さまです。山林をつくり、殖産興業の基をお開きになりました。
また、「日本総鎮守」とも言われます。
大雷大神は火の、高龗大神は水をつかさどる神さまです。土地に温もりとす水の利便をもたらし、木材、穀物、人々の生活を豊かにしてくださります。
天つ神の御子が天下りしたときに、八又の分かれ道で待っており、道案内をした神さまです。方位除けや交通をつかさどり、旅行者を守ってくださります。
天照皇大神が天の岩屋戸におかくれになったときに、岩屋戸の前で御神楽を舞われました。天つ神の御子が天下りをしたときに、猿田彦大神と話をしたのもこの女性神です。
イザナギが黄泉の国に入ったイザナミと黄泉坂（よもつひらさか）で言い争ったときに、黄泉の国への道の番人、泉守道者（よもつもりみちひと）と共に現れ、二人の争いをやめさせた巫女です。